Provavelmente não. A principal diferença é que você não tem duas cópias do Office instaladas ao mesmo tempo .
Eu reinstalei o Office algumas vezes agora em diferentes hardwares e sistemas operacionais (XP e agora 7) sem problemas.
Se você tiver problemas, entre em contato com a Microsoft e explique que está reinstalando após uma atualização / reinstalação e eles deverão desbloqueá-lo para você.
Não sei se a chave realmente funciona por um número ilimitado de vezes, mas suspeito que haja uma verificação da frequência com que você a está reativando. Se você reativar todos os dias (digamos), então eu esperaria que isso causasse problemas.