O final da linha do Windows causará problemas no Linux e algumas vezes no Mac também. Eu vi alguns arquivos Mac no Linux que parecem ter um ^M no final de cada linha.
Então, a melhor escolha é a terminação da linha Linux ...
Quais são as preferências de fim de linha adequadas para um projeto da Web de código aberto? Obviamente inclui código fonte de PHP, HTML, CSS e Javascript.
O código-fonte está gerenciando via Github agora, e há desenvolvedores Windows (8 e 7), Linux (Ubuntu) e OSX dentro da equipe, o que significa todos os principais sistemas operacionais.
P.S. Estamos usando o "Windows" CRLF line-ending, mais "UTF-8 sem BOM" agora, sem enfrentar nenhum problema, porém eu acho que seria melhor usar o estilo LF "* nix / OSX". Eu ouvi algumas histórias sobre os problemas causados pelo "CR" adicional no Linux ou OS X.
No Windows, o bloco de notas do programador pode manipular terminações de linha * nix, mesmo que o Notepad.exe não possa. Além disso, o Git pode converter automaticamente os finais de linha: consulte link