O processo de atualização normal normalmente instala um novo aplicativo sobre o antigo que reside na pasta Aplicativos. Então, se você moveu alguns desses programas da pasta Aplicativos, as cópias atualizadas serão as que residem lá. Se é algo como o iMovie, onde o iMovie HD '06 não foi substituído ao instalar o iMovie '08, então sim, você pode simplesmente arrastar o antigo para o lixo se não precisar dele.
Excluir a maioria dos aplicativos no OS X é tão fácil quanto arrastar da pasta Aplicativos para a lixeira. No entanto, as atualizações do OS X normalmente não criam aplicativos duplicados, portanto, saiba o que você está arrastando!