O problema é provavelmente o posicionamento. Com um notebook, a antena é bem ajustada no quadro da tela, enquanto uma placa PCI (e) fica presa atrás de uma grande caixa de metal em algum canto, o que não é exatamente útil para o desempenho da WLAN.
Tente usar um adaptador USB sem fio conectado a um cabo USB de 2m e colocá-lo a céu aberto, isso ajudará muito.