@ resposta do devanjedi lhe dá um controle mais granular, mas você pode de fato fazer isso apenas no iTunes.
Depois de ajustar a hora de início, vá para o menu Avançado ou clique com o botão direito e escolha "Criar versão AAC" (se você tiver o iTunes configurado para importar CDs em um formato diferente, isso refletirá isso - como tal, você pode usar o iTunes para gerar arquivos AIFFs, Mp3s e WAV também.)
A faixa resultante conterá apenas a música entre seus horários de início e término.