É incomum que uma placa-mãe moderna não tenha essa funcionalidade, então algumas coisas para verificar:
1) O ventilador está usando o tipo correto?
Para um ventilador ter sua velocidade controlada, ele deve reportar sua velocidade atual de volta à placa-mãe por meio de (normalmente) um sensor de indução. Isso requer um terceiro fio do ventilador de volta para a placa-mãe. Verifique se o ventilador que você está usando tem três fios e não dois (alguns mais baratos não têm o sensor e, portanto, apenas dois fios).
2) Verifique as configurações da ACPI da placa-mãe.
ACPI significa Configuração avançada e interface de energia e é o método padrão para controlar e medir coisas como temperaturas da CPU, velocidades da ventoinha, carga da bateria, etc. está desabilitado na BIOS, pode impedir que você use as facilidades da ACPI.
Na falta disso, sem feedback da placa-mãe quanto à temperatura da CPU, ou algum outro modo de saber a temperatura da CPU e usar isso para variar a velocidade da ventoinha da CPU seria inseguro desacelerar a velocidade do ventilador como em tempos de carga pesada há um risco de superaquecimento da CPU.