Não é bem o que é a desfragmentação. A desfragmentação é onde os fragmentos de arquivos são colocados contiguamente de forma que os tempos de busca da unidade sejam reduzidos, tornando os arquivos de carregamento na memória um pouco mais rápidos.
Para fazer uma limpeza segura do espaço livre no seu Mac, faça o seguinte no Utilitário de Disco:
Erasing free disk space does not erase the other files on your disk.
- In Disk Utility, select the disk or volume in the list with the free space you want to erase.
- Click Erase, then click the Erase Free Space button.
- Select an option, then click Erase.
Fonte: link