Eu tive um problema semelhante com o Windows não vendo uma partição disponível para ele. O problema era que o Windows viu o HDD, mas quando ele olhou, viu uma tabela de partição corrompida e não sabia o que fazer, então ficou lá tentando instalar em nada. Mabey minha correção vai funcionar para você
Faça o download de um CD ao vivo do GPartED. Grave em um CD. Inicialize seu computador no CD. Use GPartEd na partição que você está tentando usar para o Windows e exclua-a. Depois de ter uma "partição excluída", o Windows pode não pensar que a tabela de partição está estragada e será instalada. Comente de volta e deixe-me saber o resultado.