Sua melhor chance de executar o instalador fora da unidade é inicializar em uma versão mais antiga do Windows (por exemplo, 95, 98 ou 2000) e executar o instalador.
Tenha em mente que você não precisa de uma versão completa do Windows - apenas um disquete de sistema para colocar a máquina em funcionamento.
Como um aparte, não se esqueça que você precisará de um sistema operacional que veja o NTFS se foi assim que formatou o disco, e nesse caso você poderia voltar ao FAT32 para usar o método sugerido.