O VMware (e o Parallels, por exemplo) perguntará se você moveu ou copiou a VM porque ela precisa saber sobre seu endereço MAC. Escolher Movido ou Copiado depende se você pretende usar agora 2 VMs ou excluir o original e usá-lo apenas no novo local.
Você pode ter apenas movido a VM (no seu caso) para outra máquina ou diretório, nesse caso você provavelmente desejará manter o mesmo endereço MAC. Se você tiver copiado a VM, por exemplo, como Josh K mencionou para um sandbox testar as coisas, você deve dizer ao VMware isso e ele irá gerar um novo endereço MAC para a VM.
Alguns mecanismos de licenciamento de software podem estar vinculados a endereços MAC específicos, portanto, se o endereço MAC for alterado, esse software pode não funcionar mais.
Eu não sei de nenhum teste que você possa fazer além de verificar os discos (por exemplo, fsck no Ubuntu) no sistema operacional convidado? O lado cínico de mim iria adivinhar que "você pode obter resultados imprevisíveis" é apenas um termo de renúncia abrangente que significa "não nos culpe se der errado"!
Eu sigo o comentário de Josh K sobre manter os backups!