Eu tentaria criar arquivos de configuração diferentes e depois chamar rsnapshot separadamente para cada diretório, passando o respectivo arquivo de configuração com a opção -c .
É possível fazer backup de dois diretórios diferentes usando dois intervalos diferentes usando o rsnapshot? Por exemplo, se eu quiser fazer backup do meu diretório / home todos os dias, mas meu diretório / archive uma vez por mês. Ou esse tipo de ponto discutível, já que o rsnapshot só salva links físicos se nenhuma alteração for feita?
Eu tentaria criar arquivos de configuração diferentes e depois chamar rsnapshot separadamente para cada diretório, passando o respectivo arquivo de configuração com a opção -c .