Sim. Eles estão em partições separadas para que você possa atualizá-las independentemente.
Estou me preparando para reformatar minha partição do Bootcamp e instalar o Windows 7 Ultimate no Windows 7 Professional.
O problema é que, provavelmente, preciso reformatar e reinstalar o OS X.
Posso reformatar / reinstalar o OS X e não perder minha partição de bootcamp / instalação do Windows?
Sim, não há problema em fazer isso. Apenas certifique-se de reformatar e reinstalar cada sistema operacional respectivo na partição correta.