Você diz que só tem acesso ao FTP, mas diz que tem a capacidade de instalar um servidor alternativo. Você pode instalar e usar o rsync?
O rsync será executado sobre o ssh e foi projetado para lidar com o problema de "muitos pequenos arquivos", enviando-os como um fluxo contínuo de dados e não como partes distintas, cada uma com sua própria sobrecarga.