Meu palpite é que você configurou o Eclipse para usar o editor definido pelo sistema operacional para abri-lo e depois disse ao Windows para usar o Eclipse?
Para ter certeza: clique com o botão direito do mouse no arquivo no Windows e veja o que "Abrir com" oferece.
Para corrigir: altere a associação de arquivos em Preferências »Geral» Editores »Associações de Arquivos, para fazer o Eclipse usar algum editor integrado. (Ou, se isso não funcionar: clique com o botão direito do mouse no arquivo no Eclipse Navigator e certifique-se de que o Open With não tenha o Editor do Sistema selecionado.)