A razão somente que eu usaria um disco externo é se eu planejasse levar o disco comigo em algum lugar, ou precisar da portabilidade. Se o seu disco de dados vai ficar com esse computador, então eu iria interno, ponto final.
Se, por outro lado, você precisar mover todo o disco de dados, o externo é sua melhor opção.
No meio está se você precisa mover dados parciais deste disco, nesse caso (a menos que seja uma parte muito grande) eu iria com o disco interno, e então pegaria um disco externo menor ou então confiaria na rede / internet para compartilhar os dados.
Na frente de confiabilidade, os discos externos normalmente têm um fator de risco extra de serem descartados, algo que os discos internos (exceto os laptops) geralmente não enfrentam; Exceto isso, ambos são, em geral, igualmente confiáveis. Além disso, a menos que você esteja usando o eSATA como sua conexão, é difícil, se não impossível, monitorar o S.M.A.R.T. status de um disco rígido externo, para que ele pudesse mais facilmente falhar em você sem aviso (claro, se você não estiver monitorando o S.M.A.R.T. em seus discos internos, isso não muda nada, mas você deve estar).
O backup de um disco é, na maior parte, totalmente independente de sua natureza externa / interna. A única ressalva aqui é que pode haver um componente manual necessário para um disco externo se a letra da unidade / letra do dispositivo mudar quando for conectada novamente depois de ser desconectada.