Suponho que você esteja falando sobre um pacote do Integration Services, pois esses são os únicos "pacotes" que são implementados no banco de dados MSDB:)
Para editar um pacote implantado no MSDB, você precisará se conectar à instância do Integration Services no servidor, localizar o pacote e exportá-lo como um pacote .dtsx
.
Então você deve ser capaz de abri-lo no Visual Studio, editá-lo e reimplantar, se necessário.