O Dolphin como du detecta hardlinks e conta cada inode apenas uma vez. Você pode ter 1000 arquivos de 1 MiB cada, mas se eles forem apenas um arquivo com menos de 999 nomes extras, essas ferramentas dirão que há um total de arquivos e o tamanho é de 1 MiB total.
O NTFS (o sistema de arquivos de origem é NTFS, não é?) não usa inodes do tipo Unix, mas suporta hardlinks à sua maneira e o driver Linux entende isso. Espero que o Dolphin ou du se comportem de maneira semelhante quando calculam o número de arquivos e o tamanho total.
Seu problema é porque o diretório original contém um ou mais arquivos que aparecem em dois ou mais caminhos. Eu acho que você usou uma ferramenta de cópia que não se importa com hardlinks; ele apenas lê arquivos e escreve em outro lugar, um por um. Por esta razão, cada arquivo na cópia é independente de qualquer outro, não há dois arquivos sendo hardlinks entre si; então o Dolphin conta mais deles.
A cópia perdeu informações sobre quais caminhos múltiplos devem levar ao mesmo arquivo. Ele provavelmente perdeu mais: metadados como propriedade e permissões, porque os sistemas de arquivos Linux usam um esquema diferente do Windows. É difícil dizer se e como isso afetará o jogo depois de restaurá-lo para o Windows no futuro.
Para referência futura:
- Como copiar diretórios com a preservação de hardlinks?
- Parece que o Linux não pode copiar as permissões NTFS mesmo quando copiando do NTFS para o NTFS .