Ter as diferentes versões da estrutura .net instalada em uma máquina não causará nenhum problema. Muitas aplicações diferentes terão como alvo os diferentes frameworks. Tentando desinstalar um pode acabar quebrando os outros.
A maior diferença é entre a versão 1.1 e a 2.0. Foram feitas alterações nas duas versões do framework e ambas devem ser mantidas instaladas. Então, o próximo passo aconteceu quando 3.0 e 3.5 foram lançados. Ambas as versões são compatíveis com 2.0 (na verdade, são colocadas em camadas em cima) e são opcionais. A próxima versão a sair será a 4.0 com o próximo lançamento do Visual Studio, e isso terá alguns novos recursos que não dependerão de nenhuma das versões mais antigas, como o lançamento da versão 2.0.
Eu mesmo não me preocuparia em ter os frameworks na sua máquina. Eles não vão doer nada, e quando você baixar e executar programas para a sua máquina Windows, você não terá que se preocupar com o download de outro framework.
Espero que isso ajude alguns.