O Centro de Software é basicamente um front-end para o gerenciador de pacotes apt. Então, se você instalar um pacote usando apt no terminal ou synaptics (que também é uma interface gráfica para o apt), você também encontrará isso no USC e poderá desinstalá-lo lá. Pode acontecer que você tenha que clicar na linha de fundo "também mostrar pacotes técnicos" (ou similar) quando procurar algo para alguns programas aparecerem na USC.
Se você instalar um software que não venha como um pacote .deb, mas como um script (install.sh, por exemplo), esperamos que o script também configure um novo script (principalmente chamado uninstall.sh) que irá desinstalar este software. Eu acho que o driver gráfico da ATI do site da ATI faz (ou fez) isso.
Observe que a segunda maneira exige que você confie que o desenvolvedor configurou o script de instalação e desinstalação corretamente, caso contrário, pode acontecer que nem todos os arquivos sejam removidos.
A mensagem é: Se você puder, use o gerenciador de pacotes para instalar o software. Isso significa que, no caso do Ubuntu, use arquivos .deb, o USC / Synaptics ou o próprio apt. Você pode até misturá-los da maneira que quiser. Todos eles são construídos em cima do apt, que é o mais importante aqui.