Parece que esse problema estava relacionado aos drivers Xinerama e proprietários NVIDIA .
A tela preta desapareceu assim que eu mudei para a versão 304.117 dos drivers NVIDIA. Embora, o posicionamento incorreto da janela ainda esteja presente, mas eu posso lidar com isso até que uma solução melhor surja.
Espero que isso ajude alguém.