Você deve estar bem. Eu corro uma configuração similar (ou seja, uma GPU imediatamente em cima dos ventiladores de outra GPU com uma lacuna muito pequena entre as placas). Os sopradores internos realmente não movem o ar quente em qualquer direção em particular além de Dissipador de calor da GPU para outra parte do gabinete. É o trabalho do seu caso, os fãs para garantir o fluxo de ar através do caso para realmente tirar o ar quente de lá.
Como você está executando placas da nVidia, basta usar o software de monitoramento e verificar os tempos da GPU em ambas as placas quando estiver em carga. Estou rodando no Linux, então esse é o aplicativo de configurações do NVIDIA X Server - > GPU # - > Configurações térmicas. No meu caso, o cartão "superior" (ou seja, verticalmente acima do outro cartão no gabinete) passa de 5 a 10 ° C mais quente, já que o cartão inferior está despejando um pouco de calor nele via convecção. Contanto que suas térmicas pareçam boas, não é um problema.
Observe que, mesmo que suas térmicas fiquem um pouco altas demais, o 1080 acelerará para manter seu cartão dentro de um intervalo seguro. Portanto, sua principal desvantagem é que você não fará overclock tão alto ou possivelmente poderá diminuir um pouco. A maneira mais fácil de evitar isso, caso isso ocorra, é diminuir a temperatura ambiente da sala em que o sistema está sendo executado.
Editar: esqueci de abordar a última parte da sua pergunta. Para determinar qual será o delta da adição do segundo cartão, remova o cartão inferior (que obstruirá os ventiladores do cartão superior), feche o estojo e obtenha algumas leituras após o cartão ficar inativo por ~ 5 minutos e depois sob carga. Reinsira o cartão inferior, feche o estojo e repita as leituras. Isso fará com que você obtenha o delta térmico (ou seja, o "custo") da adição desse segundo cartão. Adicionar outros ventiladores de casos pode ajudar, mas veja se há um problema antes de incomodar.