O Windows não fornece prioridade à interface do usuário. O que isso faz é dar ao aplicativo de primeiro plano atual um aumento de prioridade. Isso faz com que pareça mais responsivo, e é basicamente um truque para fazer seu sistema se sentir mais responsivo do que é. Todos os outros processos normalmente são executados com prioridade normal. Isso se aplica a todas as versões do Windows desde quase sempre (Windows NT 4, se bem me lembro).
Como tal, isso ocorre por design. Tarefas executadas através do Agendador de Tarefas obtêm CPU e outros recursos quase da mesma prioridade que as tarefas executadas em qualquer outro lugar. A única diferença é que as tarefas do Agendador de Tarefas geralmente não podem se tornar o programa de primeiro plano e, portanto, nunca recebem o aumento de prioridade. Isso geralmente não é um problema, porque você normalmente não fica sentado esperando o resultado de uma tarefa agendada.
Por outro lado, se a execução da tarefa a partir da linha de comando fizer o que você deseja, faça isso.