Leia sobre Para e procure usar para loop para a tarefa, como:
for %a in ("C:\Folder 1\*.cr2") do (
if exist "D:\Folder 2\%~Na.jpg" xcopy /f /y "%~a" "D:\Folder 3\"
)
ou uma variação semelhante, como tal, suficiente para as suas necessidades, leia esse link e aprenda enquanto estiver nisso.