tl; dr Existem vantagens e desvantagens.
Vantagens do VCS:
git
e bzr
permitem restaurar em qualquer versão que você tenha enviado para o repositório e permite excluir seletivamente arquivos e apenas incluir arquivos no VCS de que você precisa. Você pode excluir /tmp
e várias pastas de pontos no seu diretório pessoal (não é recomendável excluir ~/.gnupg
e ~/.gnome2/keyrings
, pois esses dados são importantes).
Desvantagens do VCS:
bzr
e git
armazenam os diffs de todas as mudanças, então toda vez que você envia uma nova mudança, o software do repositório precisa calcular e armazenar um diff, que consome espaço e poder de CPU. Com arquivos binários, é ainda pior, já que até mesmo uma alteração de 2 KB em um arquivo de 2GB solicitará o armazenamento de outra cópia desse arquivo de 2GB, a menos que seu repositório registre alterações em pequenos blocos para arquivos binários ou use alguma forma de bindiff, mesmo mudanças no arquivo não causam problemas.
Faça sua escolha. Se você precisar de ajuda com isso, deixe um comentário abaixo.