Use o limite de palavras:
(?:\d{9}\b)|(\d{3}[ -]\d{3}[ -]\d{3})
// ___^^
De acordo com o comentário, o OP também precisa de um limite de palavras antes:
(?:\b\d{9}\b)|(\d{3}[ -]\d{3}[ -]\d{3})
e provavelmente pela outra parte da alternativa:
(?:\b\d{9}\b)|\b(\d{3}[ -]\d{3}[ -]\d{3})\b
O regex inteiro se torna:
\b(?:\d{9}|(\d{3}[ -]\d{3}[ -]\d{3}))\b