Ativo significa que você está inicializando a partir dele. No seu caso, a partição de lixo de 100MB é, na verdade, onde estão os arquivos de inicialização do sistema operacional. Mude o de 100MB de volta para ativo e o fato de você ter marcado C como ativo não deve influenciar em nada.
É apenas um marcador, não uma alteração de edição de inicialização.
Para esclarecer as definições:
A partição do sistema (ou volume do sistema) é uma partição primária que contém o gerenciador de inicialização (Banco de Dados de Configuração de Inicialização, Código do Boot Manager, Ambiente de Recuperação do Windows e reserva espaço para os arquivos de inicialização que podem ser exigidos pelo BitLocker). selecione para inicializar a partir daí.
A partição de inicialização (ou volume de inicialização) é a partição de disco que contém a pasta do sistema operacional, conhecida como a raiz do sistema.
Ativo, significa que você selecionou para inicializar a partir da partição específica. Você pode ter apenas um ativo.