Para um eixo de log, o Excel calcula apenas os logaritmos dos dados e plota isso. O padrão é a base 10, mas pode ser escolhido pelo usuário (no Excel 2007 e posterior).
Você pode fazer a mesma coisa manualmente calculando uma coluna de logs e usando isso como dados para plotar. Então você tem um gráfico linear de (digamos) log y versus x, e você pode formatar os eixos de maneira diferente do que você poderia fazer com um eixo logarítmico.
Dois gráficos (quase idênticos) são mostrados abaixo. O primeiro tem um eixo y logarítmico e o segundo usa valores calculados de log (base 10) para y. Não sei porque faltam linhas de grade no primeiro gráfico. Dom do Excel, eu acho.
Mas o ponto é que o Excel apenas calcula os logs e os plota. E você pode fazer o mesmo se quiser.
