Um programa gratuito multiplataforma conhecido como Kdenlive permite a importação direta de arquivos FLV e pode lidar com pelo menos três fluxos de vídeo para edição / composição simultânea .
Eu tenho a versão do windows (win7x64) e testei isso carregando dois arquivos diferentes na janela do editor.
Você pode separar o áudio de um dos arquivos e adicioná-lo ao fluxo de vídeo desejado. Se necessário, você pode dividir e dividir ao longo da linha do tempo para garantir que o áudio seja sincronizado com seu vídeo.
Diretamente do site acima:
Multi-track video editing
Kdenlive allows you to use and arrange several audio and video tracks, each one can be locked or muted to your convenience.