Eu estava um pouco hesitante em postar uma resposta, já que parte disso seria minha opinião. O que não é opinião é que a partir do Windows 7 (Server 2008 R2) Powershell é um componente integrante do sistema operacional. Atualmente existem essencialmente duas faixas de desenvolvimento simultâneas para o Powershell. Há a versão específica do Windows que tem um número de versão mais recente de 5.1 e há uma versão de plataforma cruzada que é a versão 6. O Powershell 5 não está planejado para receber mais atualizações de recursos, mas continuará recebendo patches. O Powershell 6 é o caminho que a Microsoft planeja seguir em frente.
Agora chegamos à parte da opinião. Agora mesmo no trabalho que faço pelo menos o powershell 6 está faltando. Existem cmdlets que existem em 5 que não existem em 6 ou os módulos em que estão não são compatíveis com 5. Então, para mim (e, na minha opinião, para muitas tarefas administrativas do dia a dia) o powershell 6 não é atualmente um opção válida.
Para responder à sua pergunta diretamente, você não pode ter apenas powershell v6 em uma máquina com Windows. Você ainda deve ter uma das versões específicas do Windows. Então, se você quiser apenas uma versão e quiser o mais recente e melhor, sugiro remover a v6 e instalar a v5.1.
Referências: