Como o tamanho da partição mudou, você precisará atualizar o tamanho do volume físico:
pvresize /dev/sda5
Isso deve gerar um valor que tenha aproximadamente o mesmo tamanho da partição.
Em seguida, redimensione o volume lógico:
lvresize -l +100%FREE /dev/mapper/vagrant--vg-root
Se o sistema de arquivos não estiver montado, você deve fazer uma verificação completa do sistema de arquivos: (provavelmente você pode pular isto)
e2fsck -f /dev/mapper/vagrant--vg-root
E finalmente redimensione o sistema de arquivos:
resize2fs /dev/mapper/vagrant--vg-root