Se for uxterm em ambos os sistemas, e usando a mesma seleção de fonte, o outro lugar para procurar é nas tabelas de localidade que podem ser diferentes entre os dois sistemas.
O xterm verifica as tabelas do sistema na inicialização e pode usar suas próprias tabelas se o sistema tiver muitos problemas. A escolha é controlada pelo mkWidth recurso.
Por exemplo, no relatório de erros FreeBSD # 219800 , fiz uma tabela mostrando o número de caracteres codificados incorretamente para alguns sistemas diferentes, incluindo OSX e Linux. Agora ... se as tabelas do Ubuntu passaram no teste inicial, mas tiveram problemas em dialetos menos usados, enquanto o OSX não passou no teste e o xterm escolheu usar sua própria tabela (que funcionava melhor com a fonte), então você poderia ter uma diferença como essa.
Apenas observando as capturas de tela, os caracteres ausentes parecem ser codepoints usando combinando caracteres . Isso é especialmente relevante para o suporte a localidade, pois os caracteres adicionais após o caractere base seriam relatados por wcwidth como largura zero.