A menos que você esteja forçando manualmente uma cadência de quadro-chave de alguma forma, o posicionamento do quadro-chave de saída não poderá ser adivinhado sem passar os quadros pelo codificador.
Você pode forçar um posicionamento de quadro-chave mais preciso descartando o -g
e adicionando -force_key_frames expr:gte(t,n_forced*3)