Como você já mencionou, o Windows Notepad padrão não implementa um histórico real de desfazer, mas apenas um mecanismo de uma etapa. Como tal, não há registro de quais mudanças você fez. Além disso, como é só escrever arquivos de texto normais, também não há nada a ganhar salvando o arquivo.
Os dados que você acidentalmente sobrescreveu antes de salvar o arquivo são perdidos. Você pode querer considerar mudar para algo como Notepad ++ ou Notepad2, que pelo menos deveria ter um histórico ou outros programas similares.