considering the other specs, am I going to have a huge loss of performance due to throttling or will it be small/not really noticeable?
Não haverá afogamento notociável.
Alguns antecedentes:
1) Uma placa PCI-e 3 em um slot PCI-e 2 simplesmente funcionará em velocidades máximas PCI-e 2.
2) Testes feitos há alguns anos mostraram que a maioria das placas gráficas não precisa de um link x16. Naquela época, as cartas de nível médio a alto resultavam nas seguintes estatísticas:
Cartão x16 em um slot x16: 100% da velocidade (por definição)
cartão x16 em um slot x8: (metade da largura de banda): 2-3% de perda de desempenho
Cartão x16 em um slot x4: menos que 10% de queda de desempenho.
Agora o PCIe-e v3 é até duas vezes mais rápido que o PCI-e v2, portanto é razoável colocar x16 3.0 a x16 2.0 no back back de perda de desempenho de 2-3%. Mensurável em benchmarks, mas não perceptível em uso regular.
Caveeats:
Eu menciono explicitamente cartas de nível médio a alto. A perda de desempenho será percentualmente maior em 1000 euros no topo da linha de cartões GPU duplos, e será menor para cartões de baixo custo. E estou falando de desempenho gráfico não OpenGL ou CUDA.