Acredito que você precisa especificar o mapeamento dos fluxos de áudio e legenda para garantir que todos deles sejam copiados por meio do primeiro. Para fazer isso, você precisa adicionar -map 0:a? -map 0:s? -map 0:v
antes de seu -c:v
Isso deve fazer seu comando
ffmpeg -i "01.mkv" -map 0:a? -map 0:s? -map 0:v -c:v copy -c:a ac3 -c:s copy "test.mkv"
O comando map é usado para dizer que você definitivamente quer que essas coisas sejam puxadas para a saída. -map 0:a:1
especificaria apenas para copiar o fluxo de áudio número 1, enquanto -map 0:a?
deveria efetivamente criar um caractere curinga e copiá-los todos.