A mensagem de erro é impressa em stderr, então você precisa redirecioná-la para stdout, para que o grep a encontre.
for ip in $(cat ip_list_file)
do
netCom=$(ssh -o ConnectTimeout=2 -o StrictHostKeyChecking=no -o PasswordAuthentication=no $ip "net ads info 2>&1 | grep -i command | wc -l")
if [ $netCom -eq 1 ]
then
echo -e $ip >> not_installed
else
echo -e $ip >> installed
fi
done