A única maneira que encontrei para obter os ícones é visitar o site através do marcador. Você não precisa remover e adicionar novamente o marcador, basta clicar nele e aguardar alguns segundos até que ele seja carregado e o ícone seja exibido novamente. Normalmente, vou visitar todos os sites diretamente na barra de ferramentas de favoritos (onde os ícones estão sempre visíveis), mas deixo os que estão nas pastas até que eu realmente precise visitá-los.
Esse comportamento também existe no Firefox.
Após uma pequena pesquisa, encontrei uma extensão do Chrome chamada Bookmark Favicon Changer , que pode processar em lote os ícones de marcadores. Em meus breves testes, foi possível alterar com sucesso cerca de 80% dos meus favoritos sem ícone (eram todos antigos, portanto nem todos os sites estavam ativos), mas só detectou que havia alterado o ícone por volta de 10 % do tempo (basicamente, isso mudaria, mas, em seguida, daria um aviso Não é possível confirmar a alteração do favorito de favoritos em ... ). Foi lento, mas a vantagem é que ele foi completamente automatizado depois que você iniciou o processo.