Para muitos dispositivos, o PCIe está perfeitamente bem passando por várias pontes, já que eles simplesmente não têm a dependência de memória intensa e os requisitos de largura de banda. Se a situação puder tolerar mais alguns nanossegundos para que ela atravesse um link de ponte norte / sul, então não há razão para conectar o dispositivo diretamente à ponte Norte ou CPU, você conecta-o onde houver conectividade extra.
Uma placa de som PCIe x1, por exemplo, teria requisitos de largura de banda razoavelmente leves, não requer timings de resposta no nível de nanossegundos e, com muita franqueza, provavelmente toleraria ser controlada por alguns "fios" feitos de string úmida.
Uma placa gráfica, por outro lado, requer boa latência e grandes transferências regulares de dados, assim você a coloca perto da memória e da CPU.
Só porque você pode colocar um barramento PCIe no final de uma cadeia de ponte norte / sul não significa que esse é o seu barramento PCIe somente no sistema.