Contabilizando tanto o overhead USB (que é realmente significativo), e a sobrecarga do PCI-e, a conexão eSATAp quase certamente será mais rápida. Normalmente, não é um problema para coisas que só fazem pequenas transferências (como mouses e teclados), mas com o streaming em massa constante normalmente visto em dispositivos de armazenamento em bloco (como discos rígidos), ele começa a se tornar bastante significativo. Eu esperaria que a conexão SATA fosse mensurávelmente mais rápida em termos de latência e .
Além disso, o USB é conhecido por sua baixa confiabilidade para uso a longo prazo. Uma redefinição de barramento (como acontece quando você bate o conector e interrompe a conexão por uma fração de segundo) é extremamente cara com o USB em comparação com o SATA, e é muito mais provável que cause corrupção de dados.