Alguns programas podem detectar se eles escrevem em um pipe ou arquivo regular, ou no terminal (tty); eles produzem uma saída colorida apenas neste último caso.
Exemplo: ls faz algo parecido com ls --color=auto . Você pode forçar a cor em ls --color=always .
Você deve ver o que acontece quando canaliza sua ferramenta para less (sem -R nem -r ). Existem códigos? Compare com ls --color=auto | less e ls --color=always | less .
Se não houver códigos, talvez você possa forçar a ferramenta a gerá-los mesmo quando usado em um pipe (equivalente à opção --color=always de ls ). Verifique a documentação da ferramenta, se disponível.