A resposta é: "o BIOS usará o que o BIOS decidir usar".
Em alguns casos, um BIOS oferecerá uma opção de configuração. por exemplo, especificando um slot, ou pelo menos um tipo de slot como PCI ou PCIe (ou AGP para sistemas mais antigos).
O número do slot geralmente está relacionado ao que o BIOS escolhe para isso, portanto, a troca do número do slot pode afetar a ordem de inicialização (e não ter impacto real em qualquer outra coisa).