Do VMware Documentation Center :
vname-s###.vmdk
If you specified that the files can increase, filenames include an s in the file number, for example, Windows 7-s001.vmdk.
If you specified that the virtual disk is divided into 2GB sections, the number of files depends on the size of the virtual disk. As data is added to a virtual disk, the files increase to a maximum of 2GB each.
Em outras palavras:
Seu (s) disco (s) rígido (s) virtual (is) são divididos em vários arquivos distintos no sistema de arquivos do hipervisor.
Não os exclua.
O VMware gerencia seus próprios arquivos de acordo com suas próprias regras e levando em conta as configurações que você possa ter definido. Deixe-os em paz.