Uma pergunta semelhante foi publicada em UbuntuForums :
O System Monitor fornece seus valores em Gibibytes (não, isso não é um erro de digitação), enquanto o Nautilus / Disk Usage Monitor valores em Gigabytes. Duas unidades diferentes dando números diferentes.
Quanto à exclusão permanente - abra o nautilus e examine sua pasta lixeira ou lixeira e exclua os itens lá.