Você entendeu mal alguma coisa.
fully delete all files which have been deleted
Bem ... se um arquivo for excluído, ele será excluído.
Se você quiser que a exclusão de arquivos invalide todas as alças, isso não será possível. Muitos programas e milhões de linhas de códigos dependem dessa semântica. Quanto à possibilidade de evitar a exclusão de arquivos abertos, como o Windows faz, é a mesma coisa: muitas coisas no mundo Linux dependem disso.
Manipula manualmente as manipulações de arquivo de fechamento em um processo externo, por exemplo. com GDB ou soluções de script, irá travar o processo ou fazer coisas piores. Invalidar o handle no lado do kernel tem os mesmos problemas (e requer modificações no kernel).
Em suma, não há maneira sensata de fazer isso.
E eu não chamaria isso de risco de segurança. Se o malware usar isso para ocultar algo, o malware já estará no seu computador e poderá criar e excluir arquivos. Então você tem muito mais problemas do que isso.