Eu fiz isso no meu laptop e funciona sem problemas há quase 2 anos. Comprei um híbrido para acelerar as coisas e manter meu disco rígido antigo em uma gaveta. Eu costumo trocá-los quando eu tenho que pegar o Laptop para um serviço e funciona sem nenhum problema.
Então, para responder à sua pergunta: Sim, o Windows permitirá que você retorne ao disco rígido antigo e ainda seja totalmente ativado. Pegue como se seu HDD falhasse e você comprasse um novo disco rígido, você não teria que comprar uma nova licença.
A única maneira que posso pensar nisso pode falhar é se você usar os discos rígidos simultaneamente com o mesmo código de ativação (mas, novamente, não tenho certeza, não tive experiência pessoal com isso)
Como eu disse nos comentários, clone o SSD no HDD antes que a instalação limpa seja atualizada. Se feito corretamente, não há nada para se preocupar. Use uma ferramenta que tenha comentários positivos e usuários satisfeitos. Não use apenas a primeira ferramenta gratuita que você encontrará.
Outra ideia é usar os dois discos como RAID. Dessa forma, tudo que você fizer no SSD será salvo no HDD (o HDD será usado como backup), então quando você decidir remover o SSD, você já terá o HDD atualizado
Se, a qualquer momento, algo der errado com a Ativação do Windows, use esta página oficial da Microsoft: Reativando o Windows 10 após uma alteração de hardware .