Você deve fazer backups de suas várias partições antes de mudar para o Linux.
Então você não tem problema. Após verificar cuidadosamente se os seus backups estão corretos, formate suas partições para os sistemas de arquivos Linux (ext4 ou else) e restaure seus backups neles.
Benefícios:
- você tem todos os seus arquivos
- você está usando sistemas de arquivos Unix
- você verificou se seus backups funcionaram
OK, a restauração pode levar algum tempo, mas esse é um preço barato a pagar.
Além disso, se o seu disco está envelhecendo (mais de 3 anos), é o momento certo para substituí-lo, caso em que o procedimento acima é ainda mais simples:
- substituir disco
- instala o Linux
- instale o disco anterior na caixa USB e copie os arquivos.