Os detalhes dependem da cadeia de ferramentas usada pela sua rotina de instalação. O artigo vinculado é para o Visual Studio 2010 e usa um processo antigo descrito aqui: link Este método requer os utilitários makecert e pvf2pfx do kit de desenvolvimento do Windows.
Essa abordagem foi suspensa, a menos que você esteja trabalhando com ferramentas herdadas, deseja usar a nova metodologia descrita aqui: link Esse método usa o Powershell para criar um certificado autoassinado e adicioná-lo ao catálogo de certificados do sistema.
Ambos os links acima fornecem informações sobre o AppManifest.xml e sobre como usar esses certificados para assinar pacotes de código.