O problema não é que a pasta "não funciona", mas que seu caractere curinga no FOR exclui todas as pastas com um "." interno. no nome
Você está procurando explicitamente pastas cujos nomes não contêm pontos.
Altere-o como abaixo e processe TODAS as pastas.
FOR /d %%A IN (*) DO (
if NOT EXIST "%%A\DATOVKY" ( mkdir "%%A\DATOVKY" )
P.S. Espero que você perceba que há um ")" faltando no final?