Você pode usar o comando rsync.
como usar o rsync para backup completo do sistema
rsync -aAXv --exclude={DIRECTORIES TO EXCLUDE} /SOURCEDIR/* /TARGETDIR
Supondo que você queira fazer o backup de todo o sistema, você pode executar:
rsync -aAXv --exclude={"/dev/*","/proc/*","/sys/*","/tmp/*","/run/*","/mnt/*","/media/*","/lost+found"} / /path/to/backup/folder
Como mencionado no site acima, você tem que excluir caminhos que são gerados dinamicamente pelo sistema durante o tempo de execução, ou caminhos usados para montar dispositivos adicionais, como drives usb (ex. / media, / mnt).
Naturalmente, é melhor fazer isso em modo único ou até mesmo executar um sistema diferente daquele que você está fazendo backup - também é possível montar a unidade como somente leitura - para garantir que nada esteja tentando alterar o sistema. arquivos durante o backup. Apenas lembre-se de alterar o SOURCEDIR para o atual ponto de montagem da unidade que você está fazendo backup