Significa simplesmente parar as opções de processamento, para que os argumentos a seguir não sejam tratados como opções. Esta é uma convenção adotada em muitos utilitários Unix, e é útil se você quiser passar um argumento que começa com - , mas não quer que seja tratado como uma opção.
Por exemplo, se você quiser listar detalhes de um arquivo chamado -F , então ls -l -F não faria o que você deseja, mas ls -l -- -F o faria.